Sinopse: Shin Ikkitousen foca em escolas de ensino médio, cada uma equipada com lutadores que contêm a essência dos antigos soldados chineses dos Três Reinos com o uso de Magatama. Assim que a guerra por território na região de Kanto chega ao fim e a recuperação é feita, a área está de volta após o início da 'caça Magatama' com a direção do poderoso líder, Himiko.